Vielfalt bezieht sich auf die Vielfalt der im Darmmikrobiom vorhandenen Bakterienarten. Eine höhere mikrobielle Vielfalt wird im Allgemeinen mit besserer Verdauungsgesundheit, einer verbesserten Immunfunktion und einer höheren Widerstandsfähigkeit gegen Krankheitserreger in Verbindung gebracht. Eine geringe Vielfalt hingegen kann mit Entzündungen, schlechter Nährstoffaufnahme und verschiedenen chronischen Gesundheitszuständen assoziiert sein.